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http://chemsketch.softonic.com/descargar
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Hasta que encontré el programa que durante mucho tiempo busqué. Les hablo de ChemSketch, un programa para realizar todo tipo de estructuras y ecuaciones químicas.
ChemSketch dibuja las estructuras de todas las fórmulas químicas posibles
para facilitar el aprendizaje.

La interfaz de ChemSketch se ha diseñado como medio de presentación claro y
analítico de las composiciones químicas. Así, se puede explicar interactivamente
el proceso de formación de las diferentes estructuras orgánicas e inorgánicas.El
programa cuenta con varias herramientas para el dibujo en dos y tres
dimensiones, accesos directos a toda la información de la tabla periódica de
elementos, tabla de radicales y plantillas con estructuras comunes como la de
los alcaloides, carbohidratos, azúcares etc. Todos estos datos son directamente
exportables a la interfaz gráfica.En definitiva, se trata de una completa
herramienta con la que facilitar el aprendizaje de la Química a estudiantes de
cualquier nivel. (Citado de...)